<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style>
<!--
@font-face
        {font-family:"Cambria Math"}
@font-face
        {font-family:Calibri}
@font-face
        {font-family:Verdana}
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif}
span.EmailStyle17
        {font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:windowtext}
.MsoChpDefault
        {font-family:"Calibri",sans-serif}
@page WordSection1
        {margin:70.85pt 70.85pt 70.85pt 70.85pt}
-->
</style><style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>
</head>
<body fpstyle="1" ocsi="0" vlink="purple" link="blue" lang="FR">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">
<div>Hi Theo,</div>
<div><br>
</div>
<div>I would not know about the second part (e.g. building the AMS train part) but to extract the geometries with python you can use the cclib library. An example (by myself) can be found here:</div>
<div><a href="https://github.com/chemistry-scripts/computations-scripts/blob/6bf5d0451b0e15b474e67055d0c30d8cb31e9bd9/ASM_NBO_Gaussian.py#L215" target="_blank">https://github.com/chemistry-scripts/computations-scripts/blob/6bf5d0451b0e15b474e67055d0c30d8cb31e9bd9/ASM_NBO_Gaussian.py#L215</a></div>
<div><br>
</div>
<div>Have a look at the other scripts in the repository, you may have insights on how to manipulate the geometries for your purpose.</div>
<div><br>
</div>
<div>Regards,</div>
<div>Emmanuel
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:'Segoe UI',Helvetica,Arial,sans-serif; background-color:white; margin:0px">
<font size="2" face="Calibri,sans-serif"><span style="font-size:11pt"><font size="2" color="#222222"><span style="font-size:10pt">--</span></font><font size="2" color="#222222"><span style="font-size:10pt"><br>
</span></font><font size="2" color="#222222"><span style="font-size:10pt">Dr. E. Nicolas</span></font><font size="2" color="#222222"><span style="font-size:10pt"><br>
</span></font><font size="2" color="#222222"><span style="font-size:10pt"><br>
Researcher<br>
</span></font><font size="2" color="#404040"><span style="font-size:10pt">CEA - Saclay</span></font></span></font></div>
<div style="font-family:'Segoe UI',Helvetica,Arial,sans-serif; background-color:white; margin:0px">
<font size="2" face="Calibri,sans-serif"><span style="font-size:11pt"><font size="2" color="#404040"><span style="font-size:10pt">IRAMIS Institute</span></font></span></font></div>
<div style="font-family:'Segoe UI',Helvetica,Arial,sans-serif; background-color:white; margin:0px">
<font size="2" face="Calibri,sans-serif"><span style="font-size:11pt"><font size="2" color="#404040"><span style="font-size:10pt">NIMBE/LCMCE</span></font></span></font></div>
<div style="font-family:'Segoe UI',Helvetica,Arial,sans-serif; background-color:white; margin:0px">
<font size="2" face="Calibri,sans-serif"><span style="font-size:11pt"><font size="2" color="#404040"><span style="font-size:10pt">91191 Gif Sur Yvette Cedex  France</span></font></span></font></div>
<div style="font-family:'Segoe UI',Helvetica,Arial,sans-serif; background-color:white; margin:0px">
<font size="2" face="Calibri,sans-serif"><span style="font-size:11pt"><font color="#222222"> </font></span></font></div>
<div style="font-family:'Segoe UI',Helvetica,Arial,sans-serif; margin:0px"><font size="2" face="Calibri,sans-serif"><span style="font-size:11pt"><font size="2" color="#222222"><span style="font-size:10pt; background-color:white">E: </span></font><a href="https://webmail-e.cea.fr/owa/redir.aspx?SURL=7FjpKxPec-usLQ7cFFbGh_-g_3eHeYQ6nu7IEA5Kv68P0N2DjM7SCG0AYQBpAGwAdABvADoAZQBtAG0AYQBuAHUAZQBsAC4AbgBpAGMAbwBsAGEAcwBAAGMAZQBhAC4AZgByAA..&URL=mailto%3aemmanuel.nicolas%40cea.fr" target="_blank"><font size="2"><span style="font-size:10pt; background-color:white">emmanuel.nicolas@cea.fr</span></font></a><font size="2" color="#222222"><span style="font-size:10pt; background-color:white"> 
  </span></font><font size="2"><span style="font-size:10pt; background-color:white">T: +33.</span></font></span></font><span style="font-family:Calibri,sans-serif; font-size:13.3333px">1.69.08.26.38</span></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div id="divRpF404951" style="direction: ltr;"><font size="2" face="Tahoma" color="#000000"><b>De :</b> ADFlist [adflist-bounces@scm.com] de la part de DE BRUIN Theodorus [theodorus.de-bruin@ifpen.fr]<br>
<b>Envoyé :</b> mercredi 19 mai 2021 12:26<br>
<b>À :</b> adflist@scm.com<br>
<b>Objet :</b> [ADF-LIST] script to extract geometries from PES scan with Gaussian 16.<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hello,</span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I was wondering if someone has (or knows where to find) a Python or Shell script that can extract the geometries (and energies) from a (relaxed) potential energy scan performed with Gaussian 16 and to convert the geometries
 into the BGF format to be used in the GEO file with AMS train ?</span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Thanks in advance.</span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Best regards,</span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Theo  </span></p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Verdana",sans-serif; color:#004080">Theodorus DE BRUIN, PhD</span></b><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Verdana",sans-serif; color:#004080"></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Verdana",sans-serif; color:#004080">Research Engineer</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style=""> </span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Verdana",sans-serif; color:#004080">IFP Energies nouvelles</span></b></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Verdana",sans-serif; color:#004080">Applied Physical Chemistry and Mechanics Division<br>
</span><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Verdana",sans-serif; color:#003366">1-4 avenue de Bois Préau<br>
</span><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Verdana",sans-serif; color:#004080">92852 Rueil-Malmaison - France<br>
</span><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Verdana",sans-serif; color:#003366">Phone: +33 1 47 52 54 38<br>
</span><span style="font-size:10.0pt; font-family:"Verdana",sans-serif; color:#004080">theodorus.de-bruin@ifpen.fr</span><span style="font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman",serif"></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style=""> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style=""></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="">            </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style=""> </span></p>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<p>__________________________ </p>
<p><span style="font-size:11px"><em style="font-family:Verdana"><span style="font-size:11px"><span style="font-size:13px"><font color="green">Avant d'imprimer, pensez à l'environnement ! Please consider the environment before printing ! </font></span>
</span></em><br>
<em style="font-family:Verdana"><span style="font-size:11px">Ce message et toutes ses pièces jointes sont confidentiels et établis à l'intention exclusive de ses destinataires. Toute utilisation non conforme à sa destination, toute diffusion ou toute publication,
 totale ou partielle, est interdite, sauf autorisation expresse. IFP Energies nouvelles décline toute responsabilité au titre de ce message. This message and any attachments are confidential and intended solely for the addressees. Any unauthorised use or dissemination
 is prohibited. IFP Energies nouvelles should not be liable for this message.</span></em></span><br>
__________________________</p>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>